Verbundenheit über die Jahrhunderte: Die Habsburger waren bis 1415 Schirmvögte des Klosters. Nach der Eroberung des Aargaus übten die 7 Alten Orte die Vogteirechte im Freiamt aus. Trotzdem blieb die Beziehung des Hauses Habsburg zu seinem "Hauskloster" über die Jahrhunderte hinweg erhalten. I1562 schenkte der Habsburger Kaiser Ferdinand I. eine Wappenscheibe in den Kreuzgang. 1580 vermachte auch Philipp II., König von Spanien und Neffe von Kaiser Ferdinand I., eine Wappenscheibe. 1701 verlieh Kaiser Leopold I. den Äbten von Muri die Fürstabtswürde. 1845 fand der Konvent von Muri auf Veranlassung des österreichischen Kaisers Ferdinand I. in Gries bei Bozen eine neue Heimat.

Die Grablegen der Habsburger: Seit 1971 finden in der Loretokapelle wichtige Repräsentanten des Hauses Habsburg ihre letzte Ruhestätte. Der Urnenstein hinter dem Altar beherbergt die Herzen des letzten österreichischen Kaiserpaares Karl I. und Zita, Prinzessin von Parma-Bourbon. In der Gruft ruhen die sterblichen Überreste eines Sohnes, eines Enkels, zweier Schwiegertöchter und einer befreundeten Gräfin des letzten Kaiserpaares.

In Muri findet sich sowohl die älteste als auch die jüngste Grablege des Hauses Habsburg. Deshalb spielt das Kloster Muri für die Habsburgergeschichte eine besondere Rolle.