Ein Höhepunkt der Glasmalerei in der Renaissance

19 dreiteilige Masswerkfenster mit 57 Kabinettscheiben (Schweizerscheiben) und fantasievollen Masswerkscheiben schmücken die drei Arme des Kreuzganges des ehemaligen Benediktinerklosters. Auf den Glasscheiben gelangen Heilige mit ihren Attributen, geistliche oder weltliche Scheibenstifter mit ihren Werken und biblische oder profane Szenen zur Darstellung. Die meisten Scheiben sind Werke der Zürcher Glasmaler Carl von Egeri und Heinrich Leu. Aber auch Niklaus Bluntschli, Christoph Brandenberg und andere Glasmaler sind mit hervorragenden Scheiben vertreten.

Der ursprüngliche romanische Kreuzgang wurde während der Religionswirren 1531 zerstört und 1534/35 unter Abt Laurentius von Heidegg neu aufgebaut. Zwei Jahrzehnte später begann Abt Christoph von Grüth die Fensteröffnungen mit farbenprächtigen Glasgemälden auszuschmücken. Als Stifter konnte er Bischöfe, Äbte, Könige, Städte, bedeutende Familien der Urschweiz und die sieben Schirmorte von Muri gewinnen.